Sosyoekonomik düzeyleri yüksek olan ilgi, sevgi ve sıcak ilişkilerin olmadığı ailelerde otistik çocuklara rastlandığı söyleniyordu. Otizme neden olarak ebeveynin çocuğa olan ilgisizliği ve sevgisizliği gösteriliyordu. Bu iddiayı savunanların başında, uzun yıllar otizmle ilgili çalışmalar yapan Bettelhim geliyordu. Sonradan yapılan geniş çaplı araştırmalar, otizmin ebeveyn ve çocuk ilişkisinden kaynaklanmadığını, sosyoekonomik etkenlere bağlı olmadan her ırkta ve her sınıfta ortaya çıktığını kanıtlamıştır.

Otizme neyin yol açtığı henüz kesin olarak bilinmemektedir. Ancak birçok olasılık üzerinde duruluyor. Otizme neden olarak öne sürülen olasılıklar, genetik etkenler, genetik yatkınlık, çevresel faktörler, psikolojik ve sosyopsikolojik sebepler olarak sıralanabilir.

Kanner, ilk zamanlarda otizme neden olarak anne-çocuk ilişkisinde meydana gelen aksaklıkları gösteriyordu. Sonradan organik nedenler öne sürmüştür; fakat kesin bir sonuca varamamış, iki neden arasında kalmıştır. 1970’lerde çocuğun genetik yatkınlığı ile ailenin negatif eğitim anlayışının birleşmesiyle otizmin ortaya çıktığını belirtmiştir. 

Tek yumurta ikizleri genetik açıdan birbirinin aynıdır. Eğer tek yumurta ikizlerinden biri otistikse, diğerinin otistik olma şansı % 35-70 arasındadır. Çift yumurta ikizlerinde bu oran ani bir düşüş gösterir: Otizmin görülme sıklığı % 0-23 arasındadır (Korkmaz, 2000). Kardeşlerden ilki otistik olursa, sonra doğan kardeşin otistik olma olasılığı % 5-15 arasındadır. Ayrıca otistik bireylerin yaklaşık % 15’nin de aile geçmişinde otistik davranışlar gösteren birinin bulunduğu belirtilmektedir. Tek yumurta ikizlerinde, çift yumurta ikizlerine kıyasla daha sık rastlanması, ikinci kardeşin otistik olma ihtimalinin yüksek olması ve aile geçmişinde otistik birilerinin bulunması otizmin genetik nedenlerden kaynaklanan bir bozukluk olduğu savını desteklemektedir.

Otizme birden fazla genin yol açtığı varsayılmaktadır; fakat bu genler bulunabilmiş değildir. Son zamanlarda üzerinde durulan görüş, otizme genetik etkenlerin yol açtığı ve araştırmaların bu yönde yoğunlaşması gerektiğidir. Fakat bu görüşü kabul etmeyen bilim adamı sayısı oldukça fazladır. Genetik alandaki araştırmalar hâlâ devam etmektedir. Eğer otizme genetik etkenlerin yol açtığı kanıtlanırsa, bir çocuğun otistik olup olmayacağı, daha anne karnındayken öğrenilecek ve çeşitli ilaçlarla tedavi çalışmaları yapılacak veya gebeliğin sonlandırılması gibi tedbirler alınabilecektir.

Otizme çevresel etkenlerin de yol açabileceği düşünülmektedir. Çevresel etkenlerin otizme yol açtığına kanıt olarak, tek yumurta ikizlerinden birinin otistik, diğerinin sağlıklı doğması gösterilmektedir. Ayrıca otistik çocukların bir kısmının geçmişinde beyin zedelenmesinin olduğu belirtilmiştir. Son zamanlarda bazı aşıların ve çeşitli gıdaların otizme yol açtığı iddia edildiyse, bilimsel çalışmalar bu tür iddiaları yalanlamıştır.

Gebelikte, doğum sırasında ve doğumdan sonra yaşanan bazı olumsuzlukların otizme yol açtığını iddia eden uzmanlar da bulunmaktadır. Genetik olarak otizme yatkınlığı olan çocukların doğum sırasında beynine oksijen gitmemesi ve doğum sonrasında hafif beyin travması geçirmelerinin otizme yol açtığı vurgulanmaktadır. Fakat bütün bunları kanıtlayacak yeterli veri bulunmamaktadır.

Son zamanlarda bazı virüs ve hastalıkların otizme yol açtığı kanıtlanmıştır: Anne karnında maruz kalınan kızamıkçık virüsü, beyinde herpes virüsü, epilepsi ve fragile X vb. Bunların yanında otizme yol açtığı tahmin edilen daha birçok hastalıktan söz edilmektedir. Kimi uzmana göre otizm tek bir nedenden kaynaklanmadığı gibi, otizme yol açan bir hastalık veya virüsün görüldüğü her birey de otistik olmaz. Sigara, kanser hastalığının tek nedeni değildir ve her sigara içen kanser olmamaktadır; otizm ile nedenleri arasındaki ilişki buna benzer.